Существует две версии происхождения породы. По одной из них, предки йорки родом из Шотландии. Предполагают, что шотландские ткачи, занимающиеся ручным ткачеством, в тяжелый период промышленного переворота переселялись в индустриальные области Англии - Ланкашир и Йоркшир. С собой они привозили своих собак, которых в то время называли «шотландскими терьерами» (англ. scotch terrier), впоследствии среди них были выделены такие породы как пейсли-терьер (англ.), клайдесдейл-терьер, каирский терьер (англ.), скай терьер. Вероятно, эти породы участвовали в выведении йоркширского терьера. Наиболее близки к современному йорку были пейсли-терьер и клайдесдейл-терьер, которые так и не были признаны Кеннел-Клубом как отдельные породы, и со временем их разведение было прекращено. Выведением новой породы занимались ткачи, работавшие на новых фабриках. Им удалось вывести собаку с длинной шелковистой шерстью голубовато-стального цвета с чистыми золотисто-коричневыми подпалинами. Йорки того времени были больше современных, обычным для них был вес 6—7 кг. Новая порода под названием «йоркширский голубой с подпалинами шелковистошерстный терьер» быстро завоевала популярность, вытеснив другие разновидности небольших английский терьеров.

В 1886 году порода была признана Кеннел-Клубом и внесена в племенную книгу. В 1898 году был организован первый клуб йоркширских терьеров.

По другой версии, углекопы Уэст-Райдинга (раньше графство Йоркшир было разделено на трети - Уэст-Райдинг, Норт-Райдинг и Ист-Райдинг) брали с собой собак для обнаружения скоплений рудничного газа, а так как по английским законам животных брать под землю не разрешалось, то собака должна была иметь такой размер, чтобы ее можно было спрятать в рукав. Как бы то ни было, но во второй половине XIX века в Англии существовала популяция маленьких собак из семейства норных терьеров. Для небогатых хозяев небольшой терьер был необременительным домашним животным. Кроме того, несмотря на свой размер, он был прекрасным крысоловом и отважным норным охотником. Красота и небольшой рост собачки привлекли к себе внимание английской аристократии и богемы. Началось целенаправленное формирование породы, ее дальнейшая миниатюризация. Чем меньше была собачка, тем выше была ее стоимость. К предкам йоркширского терьера современные исследователи породы относят мелких терьеров Англии и Шотландии, кроме того, они считают, что в йорках течет кровь вымерших терьеров - пейсли (paisley), клайдесейли (cleydesale) и др. Есть также мнение, что йоркширскому терьеру была прилита кровь мальтийского бишона (maltese). До 1886 года йоркширского терьера называли «терьер из Шотландии» или «карликовый терьер с длинной шерстью». В 1888 году Кеннел-клуб официально утвердил стандарт породы, и ей было дано название «йоркширский терьер», так как именно графство Йоркшир стало местом основного формирования породы.

Под № 1 в Племенной книге зарегистрирован йоркширский терьер по кличке Альберт. Он принадлежал «истинному знатоку и ценителю собак» Питеру Идену из Манчестера, который был также одним из первых экспертов по этой породе. Праправнук Альберта по отцовской линии и правнук по материнской Хаддерсфильд Бен считается одним из «основателей генофонда породы», он стал родоначальником первых линий йоркширских терьеров. Он родился в Хаддерсфилде у У. Иствуда в 1865 году и был продан миссис М. А. Фостер из Бредфорда. Бен был результатом инбридинга в двух поколениях. В возрасте 6 лет Бен погиб, попав под экипаж. За свою короткую жизнь он успел выиграть 74 приза на различных выставках и соревнованиях. Бен оставил многочисленное потомство и до сих пор упоминается как «отец породы» (father of the breed). Хаддерфилдский Бен был лучшей племенной собакой породы своего времени и одной из наиболее замечательных собак всех пород и времён; большинство выставочных представителей породы в настоящее время являются его потомками с одной или нескольких сторон

По третей версии родиной йоркширского терьер являются графства Йоркшир и Ланкашир в северной Англии. Его возможными предком называют уотерсайдского терьера. Эта порода была популярна в XVIII—XIX веках в Йоркшире и описывалась как «маленькая, серо-голубая собака с полудлинной шерстью». Этих собак держали крестьяне, которым было запрещено заводить больших собак, чтобы они не браконьерствовали на землях, принадлежавших знати. Небольшие собачки охраняли дома от грызунов и сопровождали своих хозяев в торговых поездках вдоль рек и каналов (отсюда и название).

Некоторые специалисты называют в числе предков йорков и мальтийских болонок, хотя они значительно отличаются от них: у мальтезе висячие уши и белый окрас. Йорков скрещивали с болонками, чтобы улучшить качество шерсти, структуру волоса и получить шелковистость. В пользу этой теории говорит то, что у светлых йорков часто очень хорошее качество шерсти. Пейсли-терьер, 1903 г.

Йоркширский терьер, США, 1915 год Об истории йоркширских терьеров в первой половине XX века сведений мало, с 1946 года — редкие сообщения о заводчиках и выставках. Собаки того времени имели более длинное тело и более крупный размер, чем современные. В США, куда йорки попали ещё в 1872 году и были внесены в племенную книгу Американского Кеннел-клуба в 1878, интерес к ним упал в 1940-х. Возрождение интереса к породе связывают с собакой по имени Смоки (англ.), «воевавшей» во Вторую мировую войну. Популярность йорков растёт: в рейтинге AKC они занимали 9 место в 1998 году, 6 в 2003, а в 2006, 2007 и 2008 — 2 место, уступая только лабрадорам ретриверам В год в племенную книгу Кеннел-клуба вносилось в среднем по 250 собак, во время войны по 150—200. В 1947 году в Великобритании состоялась первая послевоенная выставка. За год в племенную книгу было внесено 953 йорка, в 1949 — более 1000, в 1960 — более 4000. В 1940 году был выведен первый йоркширский терьер в Германии.

Йорки в России Первый йорк появился в России в 1971 году. Он был подарен балерине Ольге Лепешинской. Также появлялись отдельные экземпляры в крупных городах. В 1991 году в Мытищах был основан первый в России питомник, куда были привезены собаки из Испании и Англии, позже из Франции. Сейчас в национальном клубе породы зарегистрировано более 75 питомников.Показ йоркширских терьеров можно сравнить с выставкой драгоценностей: на алых бархатных подушках матово переливается «старое золото со старым серебром», так называют изысканный окрас йорки.